每次發動機啟動時，自動啟動-停止系統都需要很大的功率。如果電池電量不足，自動啟動-停止系統將不工作。

汽車發動機有一個正常的工作溫度范圍。有些車的發動機溫度過低，自動啟停系統就不起作用。

很多車友不喜歡用自動啟停功能。有些車友覺得發動機啟動時會有抖動，影響車內的乘坐舒適性。

有些車友認為頻繁啟停會加重發動機磨損，但這種擔心是不必要的。

發動機99%的磨損發生在冷啟動瞬間。當發動機冷起動時，機油尚未到達需要潤滑的每個部件的表面。此時發動機內各部件處于干摩擦狀態，會加劇發動機的磨損。

當發動機啟動時，機油會很快到達發動機中各個部件的表面，這樣發動機的磨損就會小很多。

使用自動啟停系統時，發動機已經達到正常工作溫度，各部分表面形成油膜。此時啟動發動機不會對發動機造成損壞。

此外，配備自動啟停技術的汽車起動機在設計上也得到了加強。