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北京小客車指標單位申請流程主要分為以下步驟：

1、搜集必要的資料，包括企業資質、經營地址及經營范圍等信息；

2、準備申請材料，包括相關權利憑證復印件；

3、登錄市交通運輸局官網，網上申請小客車指標單位；

4、聯系小客車指標辦理中心，完成審批、審核等手續；

5、將審批材料補充完整，等待市交通運輸局正式發放小客車指標單位。其次，1. 準備申請材料：要求準備有效證件、有照片的《北京市駕駛證》及《北京市小客車注冊申請報名表》;

2. 找到小客車指標單位：申請者需要先到有權發放小客車指標單位，一般是駕訓機構、社會組織或特受委托的企業，比如汽車營銷公司；

3. 申請辦理：攜帶相關材料到小客車指標單位，辦理小客車指標申請，填寫及時的申請表當場簽字，并繳納相應的申請費用；

4. 辦理審核：申請辦理完成后，指標單位將對申請進行審核，若審核通過，將及時下發合格的小客車指標照片；

5. 安裝小客車指標：將指標照片安裝在車上，并在合格的指標安裝室完成指標安裝手續，完成小客車指標申請流程。