徹底清洗發動機需按發動機臟污程度，選擇不同方法。

當發動機不太臟時，在正常工作溫度下熄火，放凈冷卻水，往冷卻系統加入清洗劑，啟動發動機中速運轉5到10分鐘，讓清洗劑充分沖刷沉淀物，隨后熄火靜置12小時，接著再次啟動中速運轉5到10分鐘后熄火，放掉清洗劑，再用清潔水清洗直至水無污物，最后裝復節溫器。也可將清洗劑按比例加入燃料箱內循環清洗，或使用專用設備在怠速時清洗。要是發動機特別臟，就需要拆解機油蓋與油底殼清洗，但這得由專業人士操作。

在清洗發動機時，有諸多注意事項。比如要在發動機冷卻狀態下清洗；發動機外部可用清洗劑清洗，清洗后還可打蠟防塵；清洗發動機倉，要先熄火并關閉電器，清潔方法多樣，像柴油或煤油清洗、高壓水槍清洗、高壓空氣清洗和專用清潔劑清潔等都可行。另外，不同類型的發動機要使用適配的潤滑油，汽油發動機根據進排氣系統附加裝置和使用條件選SD - SF級汽油機油，柴油發動機根據機械負荷選CB - CD級柴油機油。如此，方能更好地徹底清洗發動機，保障其良好性能 。